Wiara jest najbardziej osobistym aktem człowieka. Dlatego chcemy, by wychowanie religijne w szkole odbywało się z wielkim szacunkiem dla wolności sumień. Człowiek ma tym większą wolność w praktykowaniu wiary, im bardziej poszerza wachlarz cnót ułatwiających życie chrześcijańskie takich jak np.: szczerość, hojność, miłość bliźniego czy duch służby. Wzrost tej wolności odbywa się również poprzez dogłębne poznanie zasad wiary, zgodnie z zasadą, że nie można w sposób wolny wybrać tego, czego się nie zna. Celem formacji chrześcijańskiej prowadzonej w szkole jest przekazanie uczniom zasad wiary zgodnie z doktryną Kościoła Katolickiego oraz wspieranie ich w kształtowaniu cnót. Uczniowie otrzymają pomoc w nawiązaniu kontaktu z Bogiem poprzez zachętę do indywidualnej modlitwy. Szkoła Skała promuje wychowanie w wierze zgodne z nauką Kościoła Katolickiego, natomiast nie jest to szkoła katolicka w potocznym znaczeniu tego słowa, ponieważ nie prowadzi jej żadna instytucja Kościoła, lecz stowarzyszenie świeckie działające na podstawie prawa państwowego.