Celem wychowania w Szkole Skała  jest pomoc w rozwinięciu pełni człowieczeństwa z poszanowaniem wolności każdego ucznia i we współpracy z jego rodzicami. Wychowanie to nauczenie myślenia, decydowania i działania według dobrze ukształtowanego sumienia, przy wykorzystaniu wszystkich, otrzymanych od Boga, talentów. Aby to było możliwe, ważna jest pomoc w nabywaniu i ćwiczeniu cnót ludzkich. Osią programu wychowawczego na wszystkich etapach kształcenia jest wspomaganie uczniów w nabywaniu cnót oraz dobrych nawyków. Troszczymy się o to, by każdy uczeń i uczennica stopniowo rozwijali w sobie takie cechy jak: porządek, posłuszeństwo, pracowitość, obowiązkowość, pobożność, hojność i wiele innych, które są nieodłącznym elementem efektywnego nauczania. Dążymy w wychowaniu do tego, by uczniowie każdego dnia zdobywali wiedzę, którą będą potrafili wykorzystać w duchu służby i współpracy dla dobra innych.